De første kristne menigheder opstod i byerne León, Zaragoza, Mérida og Tarragona. Visigoterne, der erobrede Spanien i begyndelsen af 500 tallet, var arianere (se den arianske strid), men gik 589 over til katolicismen.

I områderne under muslimsk herredømme (711-1492) eksisterede islam og kristendommen side om side uden større konflikter. I 900 – 1100 tallet grundlagdes adskillige kirker og klostre i hele Spanien. Inkvisitionen, oprettet 1233 af pave Gregor 9., spillede ingen særlig rolle i Spanien, før det katolske kongepar Isabella og Ferdinand i 1478 fik pave Sixtus 4 til at oprette en speciel spansk inkvisition, der eksisterede indtil 1834. En særlig rolle har jesuiterordenen spillet. Den blev grundlagt i Spanien i 1534 og havde tidligere en dominerende stilling i alle dele af undervisningssystemet.

I Spanien har den katolske kirke og staten siden Reconquistaen været meget nært forbundne, lige indtil den nye demokratiske forfatning fra 1978 formelt adskilte stat og kirke, dog under den 1. og 2. republik afbrudt af bølger af voldsom antiklerikalisme. Under Franco-regimet fik den katolske organisation Opus Dei betydelig indflydelse.

Kirkens indflydelse og betydning i Spanien er i dag svindende; det er vanskeligt at rekruttere unge til præsteseminarierne, og det folkelige engagement er svagt, især i de store byer. Det store flertal af befolkningen har dog stadig et tilhørsforhold til den katolske kirke. Muslimer, protestanter (især pinsefolk) og andre udgør kun ca. 3% af befolkningen.